선전항은 "양익·육구·삼주"라는 전체적인 구조를 형성할 예정이다. "양익"이란 선전 동쪽과 서쪽에 위치한 양대 항구군을 가리키는 것이며 "육구"는 동부의 옌톈, 다펑 항구구역, 서부의 남산, 다찬완, 다샤오찬도, 그리고 바오안 항구 구역을 말한다. 그리고 "삼주"는 컨테이너의 운송을 주로 하고 있으며 선전항의 핵심 경쟁력을 드러낼 수 있는 옌톈, 남산, 다찬완이라는 삼대 주요 항구 구역을 가리킨다.
항구 구역의 자원 조건과 발전 잠재력을 고려하고 도시의 마스터 플랜에 결부하면서 각 항구 구역의 역할을 다음과 같이 분담한다.
난산항구(南山港区)는 컨테이너 간선항의 중요한 일환으로 컨테이너 운송을 바탕으로 현대물류업을 발전시킬 수 있으며 크루즈, 여객, 벌크화물 및 일반화물 운송, 선박수리 등 다양한 기능을 동시에 구비되어 있는 하나의 종합 항구이다.
다찬완항구(大铲湾港区)는 컨테이너 간선항의 중요한 일환으로, 컨테이너 운송을 바탕으로 현대물류업을 발전시킨다.
다샤오찬도항구(大小铲岛港区)는 석유 완제품과 액체 화학품의 운송을 위주로 한다.
바오안 항구(宝安港区)는 벌크화물 및 일반화물 운송과 여객 운송을 위주로 하는 동시에 컨테이너 바지선 운송을 적당한 선에서 발전시킨다.
옌톈항구(盐田港区)는 컨테이너 간선항의 중요한 일환으로, 컨테이너 운송을 바탕으로 현대물류업을 발전시킨다.
다펑항구(大鹏港区)는 석유 완제품, 액체 화학품, 액화 가스의 운송을 위주로 하면서도 수상 관광 여객 운송 기능도 동시에 수행할 수 있는 선전항 동부에 있는 하나의 에너지 저장 운송 기지이다.